随着互联网的发展，加上了信息技术的运用，可以看到一些公司的员工，在本公司网络选取满足自己的福利需求项目，实施弹性福利，弹性福利为企业免去了许多很多的麻烦，并且可以提供员工更好的员工福利，关于弹性福利制度的优点总结已经做过介绍，但同时的实施弹性福利存在的问题也应引起注意：
1、有部分员工存在着选择员工福利项目时没有经过认真思索，导致最终选择不实用的福利项目，而造成的短视近利行为。
2、因为有些福利没有办法准确核算金额，如无息借款、举办幼儿园，因此会导致部分福利难以量化
3、实行弹性福利制度常伴随着复杂行政作业。因为从宣导到付诸实施，需花费相当的人力与时间。尤其在登录修改和创建员工福利资料时，更是需要电脑的加以辅助，当每隔一段时间员工重新选择福利项目或者内容更新时，将构成业务承办人员极大的负担。
4、弹性福利制度实施初期，行政费用可能会上升，原因是沟通环节、供应商选择、设计程序、资料选到、培训内容、登录创建更新资料等等的支出。
员工福利是企业留住员工的金手铐，在企业留住人才、提高员工满意度方面发挥着重要作用。当然，根据赫茨伯格的双因素理论，员工福利属于保健因素，不能提高员工满意度，只能消除工作中的不满。然而，由于赫兹伯格的观点本身有一定的局限性（如调查对象的抽样）和东西方文化的巨大差异，他的理论在中国的适用性有待讨论。对于中国企业来说，合理解决弹性福利存在的问题，在提高员工满意度方面仍起着非常大的作用。
最后，企福通想说，福利对于员工来说，是多多益善，但对企业来说，则是成本，如果福利不能起到留住员工或激励员工的作用，那么，福利的增加，弹性福利存在的问题只能是成本的增加。员工福利是企业薪酬福利体系的重要组成部分，它直接影响到员工的生活质量和对企业雇主的满意度。因此，企业更需要制定科学合理的员工福利计划，建立符合自身条件的员工福利制度，使有限的成本投入得到最大程度的回报，更好地保留和激励优秀员工，从而提升企业核心竞争力。
